MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rickettsia massiliae MTU5 plasmid pRMA

Total Repeats: 270

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009897	ACC	2	6	169	174	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	157954007
2	NC_009897	AATC	2	8	178	185	50 %	25 %	0 %	25 %	157954007
3	NC_009897	TAT	2	6	209	214	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954007
4	NC_009897	AT	3	6	218	223	50 %	50 %	0 %	0 %	157954007
5	NC_009897	TAC	2	6	259	264	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954007
6	NC_009897	ATT	2	6	415	420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954007
7	NC_009897	ATT	2	6	460	465	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954007
8	NC_009897	CAA	2	6	470	475	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	157954007
9	NC_009897	ATA	2	6	539	544	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954007
10	NC_009897	ATA	2	6	587	592	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954007
11	NC_009897	A	6	6	632	637	100 %	0 %	0 %	0 %	157954007
12	NC_009897	TAA	2	6	765	770	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954007
13	NC_009897	ACAG	2	8	790	797	50 %	0 %	25 %	25 %	157954007
14	NC_009897	ACA	2	6	809	814	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	157954007
15	NC_009897	TAA	2	6	912	917	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954007
16	NC_009897	CTT	2	6	935	940	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	157954007
17	NC_009897	AGAA	2	8	953	960	75 %	0 %	25 %	0 %	157954007
18	NC_009897	AGA	2	6	1005	1010	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	157954007
19	NC_009897	TAA	2	6	1011	1016	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954007
20	NC_009897	TTA	2	6	1019	1024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954007
21	NC_009897	AGTT	2	8	1034	1041	25 %	50 %	25 %	0 %	157954007
22	NC_009897	ATG	2	6	1052	1057	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157954007
23	NC_009897	TCT	2	6	1098	1103	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	157954007
24	NC_009897	AT	3	6	1106	1111	50 %	50 %	0 %	0 %	157954007
25	NC_009897	TAA	2	6	1115	1120	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954007
26	NC_009897	A	6	6	1135	1140	100 %	0 %	0 %	0 %	157954007
27	NC_009897	CAA	2	6	1156	1161	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	157954007
28	NC_009897	TAA	2	6	1176	1181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954007
29	NC_009897	CCT	2	6	1231	1236	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	157954007
30	NC_009897	TA	3	6	1256	1261	50 %	50 %	0 %	0 %	157954007
31	NC_009897	TAT	2	6	1287	1292	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954007
32	NC_009897	TA	3	6	1306	1311	50 %	50 %	0 %	0 %	157954007
33	NC_009897	A	6	6	1339	1344	100 %	0 %	0 %	0 %	157954007
34	NC_009897	TTC	2	6	1395	1400	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	157954007
35	NC_009897	T	6	6	1401	1406	0 %	100 %	0 %	0 %	157954007
36	NC_009897	GTT	2	6	1424	1429	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	157954007
37	NC_009897	AAGA	2	8	1438	1445	75 %	0 %	25 %	0 %	157954007
38	NC_009897	TTG	2	6	1499	1504	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	157954007
39	NC_009897	AT	3	6	1520	1525	50 %	50 %	0 %	0 %	157954007
40	NC_009897	TA	3	6	1643	1648	50 %	50 %	0 %	0 %	157954007
41	NC_009897	CTT	2	6	1686	1691	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	157954007
42	NC_009897	GCGA	2	8	1714	1721	25 %	0 %	50 %	25 %	157954007
43	NC_009897	ACA	2	6	1750	1755	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	157954007
44	NC_009897	AGA	3	9	1865	1873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	157954007
45	NC_009897	CAA	2	6	1941	1946	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	157954007
46	NC_009897	AGCG	2	8	1987	1994	25 %	0 %	50 %	25 %	157954007
47	NC_009897	AGC	2	6	2015	2020	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	157954007
48	NC_009897	TTA	2	6	2046	2051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954007
49	NC_009897	AGG	2	6	2057	2062	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	157954007
50	NC_009897	AGA	2	6	2064	2069	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	157954007
51	NC_009897	GGA	2	6	2073	2078	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	157954007
52	NC_009897	GAAA	2	8	2089	2096	75 %	0 %	25 %	0 %	157954007
53	NC_009897	GA	3	6	2100	2105	50 %	0 %	50 %	0 %	157954007
54	NC_009897	GAA	2	6	2107	2112	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	157954007
55	NC_009897	CAT	2	6	2227	2232	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954007
56	NC_009897	GAA	2	6	2287	2292	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	157954007
57	NC_009897	GTA	3	9	2293	2301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157954007
58	NC_009897	CAA	2	6	2342	2347	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	157954007
59	NC_009897	TAA	2	6	2370	2375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954007
60	NC_009897	AG	3	6	2420	2425	50 %	0 %	50 %	0 %	157954007
61	NC_009897	TCA	2	6	2817	2822	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954008
62	NC_009897	ATA	2	6	2826	2831	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954008
63	NC_009897	GAA	2	6	2844	2849	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	157954008
64	NC_009897	CAT	2	6	2860	2865	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954008
65	NC_009897	TATG	2	8	3041	3048	25 %	50 %	25 %	0 %	157954009
66	NC_009897	TTAT	2	8	3067	3074	25 %	75 %	0 %	0 %	157954009
67	NC_009897	ATC	2	6	3171	3176	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954009
68	NC_009897	ATCCCA	2	12	3186	3197	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	157954009
69	NC_009897	TTC	2	6	3219	3224	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	157954009
70	NC_009897	CAT	2	6	3323	3328	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954009
71	NC_009897	AAT	2	6	3329	3334	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954009
72	NC_009897	AGTA	2	8	3399	3406	50 %	25 %	25 %	0 %	157954009
73	NC_009897	ATT	2	6	3510	3515	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
74	NC_009897	TGT	2	6	3593	3598	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	157954009
75	NC_009897	AGC	2	6	3639	3644	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	157954009
76	NC_009897	CAT	2	6	3659	3664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954009
77	NC_009897	GTA	2	6	3670	3675	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157954009
78	NC_009897	ATT	2	6	3684	3689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
79	NC_009897	ACT	2	6	3690	3695	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954009
80	NC_009897	GCC	2	6	3733	3738	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	157954009
81	NC_009897	ATT	2	6	3801	3806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
82	NC_009897	TAAGAT	2	12	3857	3868	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	157954009
83	NC_009897	TAT	3	9	3926	3934	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
84	NC_009897	AT	3	6	3948	3953	50 %	50 %	0 %	0 %	157954009
85	NC_009897	TCA	2	6	3977	3982	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954009
86	NC_009897	TTC	2	6	3984	3989	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	157954009
87	NC_009897	ATC	2	6	4011	4016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954009
88	NC_009897	AAAT	2	8	4019	4026	75 %	25 %	0 %	0 %	157954009
89	NC_009897	TAA	2	6	4034	4039	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954009
90	NC_009897	T	7	7	4051	4057	0 %	100 %	0 %	0 %	157954009
91	NC_009897	TCT	2	6	4065	4070	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	157954009
92	NC_009897	ACT	2	6	4092	4097	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954009
93	NC_009897	TGT	2	6	4106	4111	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	157954009
94	NC_009897	TAT	2	6	4115	4120	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
95	NC_009897	TGCAAA	2	12	4123	4134	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	157954009
96	NC_009897	AAT	2	6	4150	4155	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954009
97	NC_009897	T	6	6	4161	4166	0 %	100 %	0 %	0 %	157954009
98	NC_009897	TTA	2	6	4195	4200	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
99	NC_009897	AGG	2	6	4212	4217	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	157954009
100	NC_009897	ATT	2	6	4218	4223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
101	NC_009897	ATT	2	6	4233	4238	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
102	NC_009897	TAATT	2	10	4276	4285	40 %	60 %	0 %	0 %	157954009
103	NC_009897	GTA	2	6	4315	4320	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157954009
104	NC_009897	ATA	2	6	4347	4352	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954009
105	NC_009897	ATG	2	6	4365	4370	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157954009
106	NC_009897	TTA	2	6	4390	4395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
107	NC_009897	AG	3	6	4434	4439	50 %	0 %	50 %	0 %	157954009
108	NC_009897	GAT	2	6	4450	4455	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157954009
109	NC_009897	TAT	2	6	4508	4513	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954009
110	NC_009897	AACT	2	8	4514	4521	50 %	25 %	0 %	25 %	157954009
111	NC_009897	CTT	2	6	4524	4529	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	157954009
112	NC_009897	T	6	6	4661	4666	0 %	100 %	0 %	0 %	157954010
113	NC_009897	ATA	2	6	4698	4703	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954010
114	NC_009897	GATA	3	12	4718	4729	50 %	25 %	25 %	0 %	157954010
115	NC_009897	TA	3	6	4767	4772	50 %	50 %	0 %	0 %	157954010
116	NC_009897	T	6	6	4802	4807	0 %	100 %	0 %	0 %	157954010
117	NC_009897	ATA	2	6	4839	4844	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954010
118	NC_009897	GATA	3	12	4859	4870	50 %	25 %	25 %	0 %	157954010
119	NC_009897	TA	3	6	4908	4913	50 %	50 %	0 %	0 %	157954010
120	NC_009897	T	6	6	4943	4948	0 %	100 %	0 %	0 %	157954010
121	NC_009897	ATA	2	6	4980	4985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954010
122	NC_009897	GATA	3	12	5000	5011	50 %	25 %	25 %	0 %	157954010
123	NC_009897	TAT	2	6	5052	5057	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954010
124	NC_009897	AT	3	6	5056	5061	50 %	50 %	0 %	0 %	157954010
125	NC_009897	TATT	2	8	5081	5088	25 %	75 %	0 %	0 %	157954010
126	NC_009897	TAG	2	6	5108	5113	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157954010
127	NC_009897	TAC	2	6	5117	5122	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157954010
128	NC_009897	ATT	2	6	5181	5186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954010
129	NC_009897	TAT	2	6	5298	5303	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954010
130	NC_009897	TGTA	2	8	5307	5314	25 %	50 %	25 %	0 %	157954010
131	NC_009897	TGAT	2	8	5316	5323	25 %	50 %	25 %	0 %	157954010
132	NC_009897	ATT	2	6	5325	5330	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157954010
133	NC_009897	TAA	2	6	5345	5350	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954010
134	NC_009897	ATA	2	6	5379	5384	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954010
135	NC_009897	CATT	2	8	5413	5420	25 %	50 %	0 %	25 %	157954010
136	NC_009897	ATA	2	6	5449	5454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	157954010
137	NC_009897	T	6	6	5464	5469	0 %	100 %	0 %	0 %	157954010
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.